Riconoscere la celiachia non è semplice. I suoi sintomi possono essere molto lievi e simili a quelli di altre malattie: dolori addominali, diarrea, feci maleodoranti, grigiastre e oleose, flatulenza, ma anche eczemi e disturbi allo stomaco, ai denti e a ossa, muscoli, giunture. E non mancano sintomi simili a quelli della depressione, forme di stanchezza cronica e irritabilità. Di solito insieme a questi disturbi si ha a perdita di peso e, nei bambini, difficoltà di crescita che indicano un malassorbimento dei nutrienti dovuto alla malattia celiaca. Date le difficoltà di una diagnosi basata su questi sintomi, per avere la certezza è necessario effettuare degli accertamenti più mirati: un'analisi del sangue alla ricerca di anticorpi specifici e una biopsia per verificare lo stato di danneggiamento dell'intestino.
